O CIUEM é dirigido pelo Grupo de Gestão, composto pelo Director que preside, Director Adjunto e Chefes de Departamentos. O grupo de gestão é o órgão supremo do CIUEM e compete-lhe definir os destinos da Instituição.
Departamentos
O CIUEM possui dez Departamentos dirigidos pelos respectivos chefes de Departamento.