O CIUEM é dirigido pelo Grupo de Gestão, composto pelo Director que preside, Director Adjunto e Chefes de Departamentos.
O grupo de gestão é o órgão supremo do CIUEM e compete-lhe definir os destinos da Instituição.

Departamentos

O CIUEM possui dez Departamentos dirigidos pelos respectivos chefes de Departamento.